I primi insediamenti sul sito del palazzo risalgono al secolo XI, al periodo della massima potenza della Repubblica marinara di Pisa; ad un’epoca di poco successiva (XII secolo) appartiene l’elemento di casatorre in pietra, mentre la sottostante strada, ancora oggi visibile nel corridoio a piano terra che conduce all’ingresso delle mostre temporanee assieme alle antiche strutture edilizie, è databile ad un periodo tra la fine del XII e l’inizio del XIII secolo.

L’istituzione di un complesso monastico dedicato a San Matteo fu voluta dai coniugi Ildeberto degli Albizi e Donna Teuta del fu Omicio, tramite la convalidazione di due atti separati, uno del 1027 e uno del 1028. L’atto del 18 maggio 1027 venne firmato da Donna Teuta che, con il consenso del marito, dispose l'edificazione di un monastero benedettino femminile in un terreno di sua proprietà, intitolato all'apostolo ed evangelista San Matteo.

Gli Arsenali Medicei sono nati quasi quattro secoli fa, per volere del Granduca Cosimo I de' Medici. Oggi ospitano il museo delle Navi Antiche di Pisa che, grazie all'esposizione di sette imbarcazioni di epoca romana, databili tra il III secolo a.C. e il VII secolo d.C., di cui quattro sostanzialmente integre, e circa 800 reperti, racconta un millennio di commerci e marinai, rotte e naufragi, navigazioni, vita di bordo e della storia della città di Pisa.

Il cortile interno della sede principale dell'Università di Pisa fatta costruire nel XVI secolo

Fondato nel 1277 per accogliere le tombe fino a quel momento disseminate attorno alla Cattedrale, l’edificio avrebbe dovuto essere un luogo “ampio e decoroso, appartato e chiuso”. Nasce così una delle più antiche architetture medievali cristiane destinate al culto dei morti.